微生态疗法目前在以下一些疾病的治疗中得到了广泛应用：
一、消化系统疾病
腹泻
包括感染性腹泻、抗生素相关性腹泻等。益生菌可以调节肠道菌群，抑制有害菌生长，恢复肠道正常功能，缓解腹泻症状。
例如，小儿秋季腹泻时，使用益生菌辅助治疗可缩短病程。
便秘
通过调节肠道菌群，增加有益菌数量，促进肠道蠕动，改善便秘。益生元可作为膳食纤维被肠道细菌发酵，产生短链脂肪酸等物质，刺激肠道蠕动。
对于功能性便秘患者，长期服用益生菌和益生元可能有助于改善排便情况。
肠易激综合征
可缓解腹痛、腹胀、腹泻或便秘等症状。调整肠道菌群平衡，减轻肠道炎症，改善肠道功能。
特定的益生菌菌株对肠易激综合征有一定疗效，能减少症状发作频率和严重程度。
炎症性肠病
如溃疡性结肠炎和克罗恩病。微生态疗法可调节肠道免疫功能，减轻炎症反应，促进肠道黏膜修复。
一些研究显示，粪便微生物移植在炎症性肠病的治疗中也有一定潜力。
二、代谢性疾病
肥胖
肠道菌群与肥胖密切相关。通过调节肠道菌群，影响能量代谢，减少脂肪堆积。益生菌和益生元可改善肠道微生态，调节食欲，促进脂肪代谢。
特定的益生菌可能有助于减轻体重，降低体脂率。
糖尿病
调节肠道菌群可改善胰岛素抵抗，降低血糖水平。某些益生菌可产生短链脂肪酸等物质，调节肠道激素分泌，提高胰岛素敏感性。
作为辅助治疗手段，对糖尿病的血糖控制有一定帮助。
三、免疫系统疾病
过敏
肠道菌群在免疫系统发育和调节中起重要作用。调节肠道菌群可促进免疫耐受形成，降低过敏反应发生风险。
给婴幼儿补充特定益生菌可能有助于预防过敏性疾病，如湿疹、过敏性鼻炎等。
自身免疫性疾病
如类风湿关节炎、系统性红斑狼疮等。微生态疗法可能通过调节肠道菌群，调节免疫系统功能，减轻自身免疫反应。
虽然仍处于研究阶段，但有一定的应用前景。
四、神经系统疾病
焦虑和抑郁
肠道菌群与大脑之间存在 “肠 - 脑轴” 联系。调节肠道菌群可影响神经递质合成和代谢，改善情绪和心理状态。
特定的益生菌可能具有抗焦虑和抗抑郁的作用。
自闭症
自闭症患者常伴有肠道菌群失调。微生态疗法可能通过调节肠道菌群，改善自闭症患者的症状。
目前研究还在初步阶段，但显示出一定潜力。