肠道微生态的平衡可能被以下多种因素打破：
一、饮食因素
高糖高脂饮食
长期摄入高糖、高脂肪的食物，会改变肠道内的环境，使得一些适应这种环境的有害菌大量繁殖。例如，过多的糖分可作为某些有害菌的营养来源，促进其生长。
像经常食用油炸食品、蛋糕、糖果等，可能导致肠道中拟杆菌门和厚壁菌门的比例失衡，厚壁菌门相对增多，而厚壁菌门中一些细菌与肥胖等代谢性疾病相关。
低纤维饮食
膳食纤维是肠道有益菌的重要食物来源。缺乏膳食纤维会使有益菌缺乏营养，生长受到抑制。同时，低纤维饮食可能导致肠道蠕动减慢，粪便在肠道内停留时间延长，增加有害菌的生长机会。
例如，长期以精细加工的食物为主，很少摄入蔬菜、水果、全谷物等富含膳食纤维的食物，会影响肠道微生态平衡。
二、药物因素
抗生素
抗生素在杀死病原菌的同时，也会无差别地杀死肠道中的有益菌，破坏肠道菌群的多样性。即使是窄谱抗生素，也可能对肠道微生态造成严重影响。
例如，使用广谱抗生素后，可能导致肠道内双歧杆菌、乳酸杆菌等有益菌数量大幅减少，而一些耐药菌趁机大量繁殖，引起肠道微生态失衡。
泻药和止泻药
长期使用泻药可能导致肠道蠕动过快，使肠道内的细菌来不及定植，影响肠道菌群的稳定性。止泻药则可能使肠道蠕动减慢，粪便在肠道内停留时间过长，为有害菌的生长提供条件。
比如，一些习惯性便秘患者长期依赖泻药，可能破坏肠道微生态平衡。
质子泵抑制剂等抑酸药物
这类药物会降低胃酸分泌，使胃内 pH 值升高，可能导致肠道细菌过度生长，尤其是一些原本在胃内被胃酸抑制的细菌可能进入肠道，影响肠道微生态。
例如，长期服用质子泵抑制剂治疗胃食管反流病的患者，可能出现肠道菌群失调的情况。
三、生活方式因素
不良的作息习惯
长期熬夜、睡眠不足会影响人体的内分泌和免疫系统，进而影响肠道微生态。生物钟紊乱可能导致肠道菌群的节律性变化被破坏，有益菌的生长受到抑制。
例如，经常熬夜的人可能会出现肠道功能紊乱，如便秘、腹泻等，这与肠道微生态失衡有关。
缺乏运动
缺乏运动会导致肠道蠕动减慢，影响肠道的排空和血液循环，不利于肠道有益菌的生长和定植。
长期久坐不动的人，肠道微生态可能会发生改变，有害菌相对增多，有益菌减少。
长期的精神压力
长期处于高压力状态下，人体会分泌应激激素，如皮质醇等，这些激素会影响肠道神经系统和免疫系统，改变肠道通透性，进而影响肠道微生态。
例如，工作压力大、长期焦虑的人可能更容易出现肠道问题，这与肠道微生态失衡密切相关。
四、环境因素
环境污染
环境中的污染物，如重金属、农药残留、工业化学物质等，可能通过食物、水等途径进入人体，影响肠道微生态。这些污染物可能对肠道细菌产生毒性作用，导致肠道菌群结构发生改变。
例如，长期饮用受污染的水源或食用受污染的食物，可能破坏肠道微生态平衡。
卫生条件过度清洁
过度使用抗菌清洁剂、频繁消毒等可能导致人体接触的微生物种类减少，不利于肠道菌群的正常发育和维持。人体在一定程度上需要接触一些有益的微生物来建立和维持健康的肠道微生态。
例如，一些家庭过度追求卫生，频繁使用消毒剂清洁环境，可能使儿童在成长过程中缺乏与有益微生物的接触，增加日后患过敏、自身免疫性疾病等的风险，这些疾病与肠道微生态失衡也有关联。