微生态疗法一般来说是比较安全的，但也可能存在一些潜在的副作用。
一、益生菌相关副作用
胃肠道不适
部分人在服用益生菌后可能出现胃肠道不适，如腹胀、腹痛、恶心、呕吐等。这可能是由于个体差异对益生菌的反应不同，或者是益生菌在肠道内产生气体等原因引起的。
例如，有些人在刚开始服用益生菌时可能会感到轻微的腹胀，但这种不适通常会在几天内逐渐减轻或消失。
过敏反应
极少数人可能对某些益生菌成分过敏，出现皮疹、瘙痒、呼吸困难等过敏症状。这通常与个体的过敏体质有关。
例如，对牛奶过敏的人可能对含有牛奶成分的益生菌制剂产生过敏反应。
感染风险
对于免疫功能低下的人群，如患有严重疾病、长期使用免疫抑制剂等，服用益生菌可能增加感染的风险。特别是某些益生菌可能在特定情况下发生菌血症等严重感染。
例如，在某些重症监护病房的患者中，使用益生菌可能会增加感染的风险，需要谨慎使用。
二、益生元相关副作用
胃肠道反应
益生元可能会引起胃肠道不适，如腹胀、腹泻、肠鸣等。这是因为益生元在肠道内被细菌发酵，产生气体和短链脂肪酸等物质，可能导致肠道内压力增加和肠道蠕动加快。
例如，有些人在刚开始服用益生元时可能会出现轻微的腹泻，但随着肠道逐渐适应，这种症状通常会减轻。
血糖影响
某些益生元可能会影响血糖水平，对于糖尿病患者需要谨慎使用。一些益生元可能会被肠道细菌发酵产生葡萄糖，从而升高血糖。
例如，低聚果糖等益生元可能会对糖尿病患者的血糖控制产生一定影响，需要在医生的指导下使用。
三、粪便微生物移植相关副作用
感染风险
粪便微生物移植可能会带来感染的风险，包括细菌、病毒、寄生虫等感染。尽管在严格筛选供体和进行粪便处理的情况下，感染风险较低，但仍不能完全排除。
例如，曾经有报道在粪便微生物移植后出现艰难梭菌感染复发或其他病原体感染的情况。
胃肠道不适
接受粪便微生物移植的患者可能会出现胃肠道不适，如腹痛、腹泻、恶心、呕吐等。这可能与移植过程中对肠道的刺激以及新的微生物群落的适应有关。
例如，在粪便微生物移植后，部分患者可能会出现短暂的腹泻，但通常会在几天内逐渐缓解。
免疫反应
粪便微生物移植可能会引起免疫反应，特别是对于有过敏史或免疫功能异常的患者。新的微生物群落可能会触发免疫系统的反应，导致过敏症状或自身免疫反应。
例如，有些患者在粪便微生物移植后可能会出现皮疹、瘙痒等过敏症状，或者出现自身免疫性疾病的加重。