微生态疗法主要通过以下几种方式调节免疫系统：
一、维持肠道黏膜屏障完整性
增强物理屏障
肠道黏膜是人体与外界环境接触的重要界面，起着物理屏障的作用。肠道菌群可以通过促进肠道上皮细胞的生长和分化，增强肠道黏膜的紧密连接，减少肠道通透性，防止有害物质进入体内，从而维持肠道黏膜的物理屏障功能。
例如，某些益生菌可以分泌黏液和抗菌物质，增强肠道黏膜的屏障功能，防止病原体的入侵。
调节免疫屏障
肠道黏膜中含有大量的免疫细胞，如淋巴细胞、巨噬细胞等，它们构成了肠道的免疫屏障。肠道菌群可以调节肠道免疫细胞的活性和功能，促进免疫细胞的成熟和分化，增强肠道的免疫防御能力。
例如，某些益生菌可以刺激肠道免疫细胞分泌免疫球蛋白 A（IgA），增强肠道的免疫屏障功能。
二、调节免疫细胞活性
调节 T 细胞功能
T 细胞是免疫系统中的重要细胞，分为不同的亚群，如辅助性 T 细胞（Th）、细胞毒性 T 细胞（Tc）等。肠道菌群可以调节 T 细胞的分化和功能，促进有益的 T 细胞亚群的生长，抑制有害的 T 细胞亚群的活性。
例如，某些益生菌可以促进 Th1/Th2 细胞的平衡，增强 Th1 细胞的免疫应答，抑制 Th2 细胞的过敏反应；还可以促进调节性 T 细胞（Treg）的生长，抑制自身免疫反应。
调节 B 细胞功能
B 细胞是免疫系统中的另一种重要细胞，主要负责产生抗体。肠道菌群可以调节 B 细胞的分化和功能，促进有益的抗体的产生，抑制有害的抗体的产生。
例如，某些益生菌可以刺激 B 细胞产生 IgA，增强肠道的免疫屏障功能；还可以调节 B 细胞产生的抗体的种类和活性，抑制过敏反应和自身免疫反应。
调节巨噬细胞功能
巨噬细胞是免疫系统中的重要吞噬细胞，具有吞噬病原体、清除衰老细胞和组织碎片等功能。肠道菌群可以调节巨噬细胞的活性和功能，促进巨噬细胞的吞噬作用，增强肠道的免疫防御能力。
例如，某些益生菌可以刺激巨噬细胞分泌细胞因子，增强巨噬细胞的免疫活性；还可以调节巨噬细胞的表面受体表达，增强巨噬细胞对病原体的识别和吞噬能力。
三、调节免疫分子分泌
调节细胞因子分泌
细胞因子是免疫系统中的重要信号分子，具有调节免疫细胞活性、促进炎症反应和免疫应答等功能。肠道菌群可以调节免疫细胞分泌细胞因子的种类和水平，促进有益的细胞因子的分泌，抑制有害的细胞因子的分泌。
例如，某些益生菌可以刺激免疫细胞分泌白细胞介素 - 10（IL-10）、转化生长因子 -β（TGF-β）等抗炎细胞因子，抑制炎症反应；还可以调节免疫细胞分泌干扰素 -γ（IFN-γ）、肿瘤坏死因子 -α（TNF-α）等促炎细胞因子的水平，维持免疫平衡。
调节免疫球蛋白分泌
免疫球蛋白是免疫系统中的重要抗体分子，具有识别和结合病原体、促进免疫细胞的吞噬作用等功能。肠道菌群可以调节 B 细胞分泌免疫球蛋白的种类和水平，促进有益的免疫球蛋白的分泌，抑制有害的免疫球蛋白的分泌。
例如，某些益生菌可以刺激 B 细胞分泌 IgA，增强肠道的免疫屏障功能；还可以调节 B 细胞分泌的 IgG、IgM 等免疫球蛋白的水平，维持免疫平衡。
四、影响神经内分泌系统
调节神经递质分泌
肠道菌群可以通过影响肠道神经系统和中枢神经系统的功能，调节神经递质的分泌，从而影响免疫系统的功能。例如，某些益生菌可以促进肠道神经系统分泌血清素、多巴胺等神经递质，这些神经递质可以调节免疫细胞的活性和功能，增强肠道的免疫防御能力。
此外，肠道菌群还可以通过影响中枢神经系统的功能，调节下丘脑 - 垂体 - 肾上腺轴（HPA 轴）的活性，从而影响免疫系统的功能。例如，某些益生菌可以减轻应激反应，降低 HPA 轴的活性，减少皮质醇等应激激素的分泌，从而减轻免疫系统的抑制作用。
调节内分泌激素分泌
肠道菌群可以通过影响内分泌系统的功能，调节内分泌激素的分泌，从而影响免疫系统的功能。例如，某些益生菌可以促进肠道内分泌细胞分泌胰高血糖素样肽 - 1（GLP-1）、肽 YY（PYY）等肠促胰岛素激素，这些激素可以调节血糖代谢和食欲，同时也可以调节免疫系统的功能。
此外，肠道菌群还可以通过影响甲状腺、性腺等内分泌器官的功能，调节甲状腺激素、性激素等内分泌激素的分泌，从而影响免疫系统的功能。