微生态疗法除了可以治疗消化系统疾病外，还可以用于以下一些疾病的治疗：
一、代谢性疾病
肥胖
肠道菌群可以影响能量代谢和脂肪储存。特定的肠道菌群可能与肥胖的发生发展有关。通过微生态疗法调节肠道菌群，可能有助于改善肥胖患者的代谢状况，促进体重减轻。
例如，一些研究表明，特定的益生菌可以调节肠道激素分泌，增加饱腹感，减少食欲，从而有助于控制体重。
糖尿病
肠道菌群可以影响血糖调节和胰岛素敏感性。微生态疗法可能通过调节肠道菌群，改善胰岛素抵抗，降低血糖水平。
某些益生菌可能通过产生短链脂肪酸等代谢产物，调节肠道内分泌细胞的功能，促进胰岛素分泌，提高胰岛素敏感性。
二、免疫系统疾病
过敏
肠道菌群在免疫系统的发育和调节中起着重要作用。早期肠道菌群的失调可能与过敏的发生风险增加有关。微生态疗法可以通过调节肠道菌群，促进免疫耐受的形成，降低过敏反应的发生。
例如，给婴幼儿补充特定的益生菌可能有助于预防过敏性疾病的发生，如湿疹、过敏性鼻炎等。
自身免疫性疾病
一些自身免疫性疾病，如类风湿关节炎、系统性红斑狼疮等，可能与肠道菌群的失调有关。微生态疗法可能通过调节肠道菌群，调节免疫系统的功能，减轻自身免疫反应。
虽然目前关于微生态疗法治疗自身免疫性疾病的研究还处于初步阶段，但一些初步的研究结果显示出了一定的潜力。
三、神经系统疾病
焦虑和抑郁
肠道菌群与大脑之间存在着密切的联系，被称为 “肠 - 脑轴”。肠道菌群的失调可能与焦虑和抑郁等情绪障碍的发生有关。微生态疗法可以通过调节肠道菌群，改善肠 - 脑轴的功能，缓解焦虑和抑郁症状。
一些研究表明，特定的益生菌可能具有抗焦虑和抗抑郁的作用。
自闭症
自闭症患者常常伴有肠道菌群的失调。微生态疗法可能通过调节肠道菌群，改善自闭症患者的肠道功能和行为症状。
虽然目前关于微生态疗法治疗自闭症的研究还存在争议，但一些初步的研究结果显示出了一定的希望。
四、皮肤疾病
痤疮
肠道菌群的失调可能与痤疮的发生有关。微生态疗法可以通过调节肠道菌群，改善肠道功能，减少炎症反应，从而可能对痤疮的治疗有一定的帮助。
例如，一些研究表明，口服特定的益生菌可能有助于改善痤疮患者的皮肤状况。
湿疹
湿疹是一种常见的皮肤炎症性疾病，与免疫系统的失调有关。微生态疗法可以通过调节肠道菌群，调节免疫系统的功能，减轻湿疹的症状。
给湿疹患者补充特定的益生菌可能有助于缓解湿疹的瘙痒和炎症。