微生态疗法可以治疗以下多种疾病：
一、消化系统疾病
腹泻
包括感染性腹泻、抗生素相关性腹泻等。通过补充益生菌可以调节肠道菌群，抑制有害菌生长，恢复肠道正常的消化和吸收功能，从而缓解腹泻症状。
例如，在小儿秋季腹泻中，使用益生菌辅助治疗可以缩短病程，减少腹泻次数。
便秘
微生态疗法可以改善肠道蠕动功能，增加粪便体积，促进排便。益生菌和益生元可以促进有益菌的生长，产生短链脂肪酸等物质，刺激肠道蠕动，缓解便秘。
对于功能性便秘患者，长期服用益生菌和增加膳食纤维的摄入，有助于改善便秘症状。
肠易激综合征
这是一种常见的功能性肠道疾病，症状包括腹痛、腹胀、腹泻或便秘等。微生态疗法可以调节肠道菌群，减轻肠道炎症，改善肠道功能，从而缓解症状。
研究表明，特定的益生菌菌株对肠易激综合征有一定的治疗效果。
炎症性肠病
如溃疡性结肠炎和克罗恩病。微生态疗法可以调节肠道免疫功能，减轻肠道炎症，促进肠道黏膜修复。粪便微生物移植在炎症性肠病的治疗中也显示出一定的潜力。
一些患者在接受微生态疗法后，症状得到缓解，疾病活动度降低。
二、代谢性疾病
肥胖
肠道菌群与肥胖密切相关。通过调节肠道菌群，可以影响能量代谢，减少脂肪堆积。益生菌和益生元可以改善肠道微生态，调节食欲，促进脂肪代谢。
一些研究显示，特定的益生菌菌株可以帮助减轻体重，降低体脂率。
糖尿病
肠道菌群可以影响血糖代谢和胰岛素敏感性。微生态疗法可以调节肠道菌群，改善胰岛素抵抗，降低血糖水平。
例如，一些益生菌可以通过产生短链脂肪酸等物质，调节肠道激素分泌，改善胰岛素敏感性。
三、免疫系统疾病
过敏
肠道菌群在免疫系统的发育和调节中起着重要作用。通过调节肠道菌群，可以减轻过敏反应。益生菌可以调节免疫系统，降低过敏风险。
对于儿童过敏性疾病，如过敏性鼻炎、湿疹等，早期使用益生菌可能有助于预防和缓解过敏症状。
自身免疫性疾病
如类风湿关节炎、系统性红斑狼疮等。微生态疗法可以调节肠道免疫功能，减轻炎症反应，对自身免疫性疾病可能有一定的辅助治疗作用。
一些研究发现，特定的肠道菌群与自身免疫性疾病的发生发展有关，通过调节肠道菌群可能对疾病的治疗有帮助。
四、神经系统疾病
焦虑和抑郁
肠道菌群与大脑之间存在着 “肠 - 脑轴” 的联系。通过调节肠道菌群，可以影响神经递质的合成和代谢，改善情绪和心理状态。
一些益生菌可能具有抗焦虑和抗抑郁的作用，对焦虑和抑郁患者有一定的辅助治疗效果。
自闭症
研究发现，自闭症患者的肠道菌群与正常人群存在差异。微生态疗法可能通过调节肠道菌群，改善自闭症患者的症状。
虽然目前关于微生态疗法治疗自闭症的研究还处于初步阶段，但一些病例显示出了一定的潜力。