传统培养法：将肠道内容物（如粪便）接种到培养基中，在特定的温度、氧气等条件下培养，根据菌落的形态、生理生化特征对细菌进行分类和计数。该方法能准确鉴定可培养细菌种类，但耗时久、操作复杂，且只能检测出一小部分可培养的肠道微生物，很多厌氧菌等难以培养。

直接涂片法：从粪便或直肠拭子获取样本，放置于含有营养物质的培养基上孵化后镜检，可观察细菌形态等是否异常，但难以准确鉴别细菌种类和数量，受主观因素影响大。

革兰氏染色法：将样本进行革兰氏染色后镜检，可区分革兰氏阳性菌和阴性菌，帮助初步判断细菌类型，但对复杂菌群的全面分析有局限性，不能准确反映菌群全貌。

基于分子生物学的方法

聚合酶链反应（PCR）技术：通过设计特定引物，扩增细菌的特定 DNA 序列来检测细菌种类。该方法快速、灵敏，但只能检测已知序列的细菌，对未知细菌可能无法检测。

16S rRNA 测序：细菌基因组中 16S rRNA 基因序列保守又有特异性差异，对其测序并与已知序列比对，可确定样本中细菌种类及相对丰度，广泛应用于肠道菌群多样性等研究，但无法精确到具体物种。

宏基因组测序：对粪便中所有微生物的 DNA 进行高通量测序，可全面检测细菌、真菌、病毒等微生物群落，能获得更丰富的基因信息和功能信息，但成本较高，数据分析复杂。

基于代谢产物的方法

代谢组学技术：检测粪便中的有机酸、短链脂肪酸、吲哚等代谢产物，快速、全面地了解菌群功能，反映肠道菌群的代谢活性和功能状态，但需要专业的仪器设备和分析技术，对结果的解读要求较高。

呼气检测：检测呼吸中氢气、甲烷等气体含量，可反映肠道发酵等过程，无创、简便，常用于检测小肠细菌过度生长等，但只能间接反映部分肠道菌群代谢情况，不能全面了解菌群组成。

其他方法

粪便抗原检测：检测粪便中肠道菌群分泌的特定抗原物质，推断菌群组成，但只能检测已知抗原对应的细菌，存在一定局限性。

黏膜活检检测：取肠道黏膜组织检测，能直接观察肠道黏膜上的菌群分布和炎症情况，对于肠道炎症性疾病诊断价值高，但属于有创检查，可能给患者带来痛苦和风险。

血液检测：检测血液中与肠道菌群相关的生物标志物，如脂多糖、内毒素等，可辅助判断肠道菌群与疾病的关系，但结果受多种因素影响，只能间接反映肠道菌群状态。