基于培养的方法

传统培养法：将肠道内容物如粪便接种到特定培养基，在适宜温湿度等条件下培养，再根据菌落形态、颜色、大小及生理生化特征等对细菌分类计数。是验证其他方法准确性的金标准，能准确鉴定可培养细菌，但只能检测部分可培养微生物，耗时久、操作复杂。

定量培养法

全自动微生物分析仪法：通过光学系统直接测量菌落直径，计算每毫升标本中菌的数量并绘制生长曲线图。

微生物定量计数器法：利用荧光标记技术，精确测定菌液稀释倍数与菌落数的关系。

基于基因检测的方法

荧光原位杂交（FISH）：用荧光标记的核酸探针与细菌细胞内特定核酸序列杂交，在荧光显微镜下观察，可对特定细菌定位、计数和鉴定，能直观观察细菌分布，但操作复杂，一次检测细菌种类有限。

基因芯片技术：将大量已知序列的 DNA 探针固定在芯片上，与样本中细菌 DNA 杂交，通过检测杂交信号确定细菌种类和丰度。可同时检测多种细菌，高通量、快速，但成本高，检测范围受限于芯片上的探针。

基于代谢产物检测的方法

气相色谱 - 质谱联用（GC - MS）：将气相色谱的高分离能力与质谱的高鉴别能力结合，对肠道菌群产生的代谢产物如短链脂肪酸、吲哚等进行分离和鉴定，可快速、准确检测代谢产物，反映肠道菌群的功能状态，但需要特殊设备，对样本前处理要求高。

代谢组学技术：通过检测粪便等样本中的所有代谢产物，全面分析肠道菌群的代谢功能和状态，能发现潜在的代谢标志物和代谢途径变化，但技术难度大、数据分析复杂。

其他检测方法

肠道黏膜活检：通过内镜或手术采集肠道黏膜组织检测，能更直接了解肠道内细菌种类、数量及与肠道黏膜的相互作用关系，但属于有创检查，可能引起不适和并发症，一般在特殊情况下使用。

呼气试验：如氢气呼吸试验，患者吞服专门的底物胶囊后，收集呼气样本检测其中氢气等气体浓度，可判断肠道菌群失调状况，相对安全、无创且准确度高，适用于特定人群。