一篇文章搞懂！肠道菌群检测常用方法大盘点

基于培养的方法

传统培养法：将肠道内容物（如粪便）接种到特定培养基中，在适宜的温度、湿度等条件下培养，然后根据菌落的形态、颜色、大小及生理生化特征等对细菌进行分类和计数。该方法是验证其他方法准确性的金标准，可准确鉴定可培养细菌，但只能检测出一小部分可培养的肠道微生物，耗时较长，操作复杂。

定量培养法：包括全自动微生物分析仪法和微生物定量计数器法。全自动微生物分析仪可通过光学系统直接测量菌落直径，计算每毫升标本中各种菌的数量并绘制生长曲线图。微生物定量计数器利用荧光标记技术，精确测定菌液稀释倍数与菌落数之间的关系。

基于基因检测的方法

聚合酶链反应（PCR）技术：针对细菌特定 DNA 序列设计引物，在体外扩增目标 DNA 片段，通过扩增产物来检测细菌种类。方法快速、灵敏，但只能检测已知序列的细菌，难以发现新的或未知的细菌种类。

16S rRNA 测序：16S rRNA 基因是细菌中较保守的基因，其序列在不同种类细菌中有相似性但也有特定位置的差异。对 16S rRNA 基因进行测序，将获得的序列与已知细菌的 16S rRNA 基因序列比对，可确定样本中细菌种类及相对丰度，广泛应用于肠道菌群多样性等方面的检测。

宏基因组测序：对肠道样本中所有微生物的基因组 DNA 进行高通量测序，可同时检测细菌、真菌、病毒等所有微生物，能全面了解肠道微生物群落的组成、功能及基因信息，但成本高，数据分析复杂。

荧光原位杂交（FISH）：用荧光标记的核酸探针与细菌细胞内的特定核酸序列进行杂交，在荧光显微镜下观察，可对特定细菌进行定位、计数和鉴定，能直观观察细菌在肠道组织或样本中的分布，但操作相对复杂，且一次检测的细菌种类有限。

基于代谢产物检测的方法

气相色谱 - 质谱联用（GC - MS）：将气相色谱的高分离能力与质谱的高鉴别能力结合，对肠道菌群产生的代谢产物如短链脂肪酸、吲哚等进行分离和鉴定，可快速、准确检测代谢产物，反映肠道菌群的功能状态，但需要特殊设备，对样本前处理要求高。

高效液相色谱（HPLC）：利用不同物质在固定相和流动相中的分配系数差异进行分离，对肠道菌群代谢产物进行定量和定性分析，具有分离效率高、分析速度快等优点，但同样需要专业设备和技术人员操作。

免疫法：常用酶联免疫吸附试验（ELISA）、免疫荧光技术、乳胶凝集试验等，利用细菌特异性抗原检测细菌存在，操作简便、快速，但需要特定抗体，可能出现假阳性结果。

呼气试验：如氢气呼吸试验，患者吞服专门的底物胶囊后，收集呼气样本检测其中氢气等气体浓度，可判断肠道菌群失调状况，相对安全、无创且准确度高，适用于特定人群。

其他检测方法

肠道黏膜活检：通过内镜或手术采集肠道黏膜组织检测，能更直接了解肠道内细菌种类、数量及与肠道黏膜的相互作用关系，但属于有创检查，可能引起不适和并发症，一般在特殊情况下使用。

粪便常规检测：主要是对粪便的颜色、性状、气味等通过显微镜进行观察，明确食物残渣的残留情况，同时进行粪便涂片、染色，以观察肠道菌群含量情况，可作为初步筛查方法。

血液检查：血液检查中的血常规、血液电解质等指标能够辅助判断有无肠道感染或者贫血等，从而辅助诊断肠道菌群失调症，但不能直接检测肠道菌群。