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肠道微生态-一篇文章搞懂!肠道菌群检测常用方法大盘点

发布时间:2025-02-08 09:43:19

一篇文章搞懂!肠道菌群检测常用方法大盘点

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基于培养的方法

传统培养法:将肠道内容物(如粪便)接种到特定培养基中,在适宜的温度、湿度等条件下培养,然后根据菌落的形态、颜色、大小及生理生化特征等对细菌进行分类和计数。该方法是验证其他方法准确性的金标准,可准确鉴定可培养细菌,但只能检测出一小部分可培养的肠道微生物,耗时较长,操作复杂。

定量培养法:包括全自动微生物分析仪法和微生物定量计数器法。全自动微生物分析仪可通过光学系统直接测量菌落直径,计算每毫升标本中各种菌的数量并绘制生长曲线图。微生物定量计数器利用荧光标记技术,精确测定菌液稀释倍数与菌落数之间的关系。

基于基因检测的方法

聚合酶链反应(PCR)技术:针对细菌特定 DNA 序列设计引物,在体外扩增目标 DNA 片段,通过扩增产物来检测细菌种类。方法快速、灵敏,但只能检测已知序列的细菌,难以发现新的或未知的细菌种类。

16S rRNA 测序:16S rRNA 基因是细菌中较保守的基因,其序列在不同种类细菌中有相似性但也有特定位置的差异。对 16S rRNA 基因进行测序,将获得的序列与已知细菌的 16S rRNA 基因序列比对,可确定样本中细菌种类及相对丰度,广泛应用于肠道菌群多样性等方面的检测。

宏基因组测序:对肠道样本中所有微生物的基因组 DNA 进行高通量测序,可同时检测细菌、真菌、病毒等所有微生物,能全面了解肠道微生物群落的组成、功能及基因信息,但成本高,数据分析复杂。

荧光原位杂交(FISH):用荧光标记的核酸探针与细菌细胞内的特定核酸序列进行杂交,在荧光显微镜下观察,可对特定细菌进行定位、计数和鉴定,能直观观察细菌在肠道组织或样本中的分布,但操作相对复杂,且一次检测的细菌种类有限。

基于代谢产物检测的方法

气相色谱 - 质谱联用(GC - MS):将气相色谱的高分离能力与质谱的高鉴别能力结合,对肠道菌群产生的代谢产物如短链脂肪酸、吲哚等进行分离和鉴定,可快速、准确检测代谢产物,反映肠道菌群的功能状态,但需要特殊设备,对样本前处理要求高。

高效液相色谱(HPLC):利用不同物质在固定相和流动相中的分配系数差异进行分离,对肠道菌群代谢产物进行定量和定性分析,具有分离效率高、分析速度快等优点,但同样需要专业设备和技术人员操作。

免疫法:常用酶联免疫吸附试验(ELISA)、免疫荧光技术、乳胶凝集试验等,利用细菌特异性抗原检测细菌存在,操作简便、快速,但需要特定抗体,可能出现假阳性结果。

呼气试验:如氢气呼吸试验,患者吞服专门的底物胶囊后,收集呼气样本检测其中氢气等气体浓度,可判断肠道菌群失调状况,相对安全、无创且准确度高,适用于特定人群。

其他检测方法

肠道黏膜活检:通过内镜或手术采集肠道黏膜组织检测,能更直接了解肠道内细菌种类、数量及与肠道黏膜的相互作用关系,但属于有创检查,可能引起不适和并发症,一般在特殊情况下使用。

粪便常规检测:主要是对粪便的颜色、性状、气味等通过显微镜进行观察,明确食物残渣的残留情况,同时进行粪便涂片、染色,以观察肠道菌群含量情况,可作为初步筛查方法。

血液检查:血液检查中的血常规、血液电解质等指标能够辅助判断有无肠道感染或者贫血等,从而辅助诊断肠道菌群失调症,但不能直接检测肠道菌群。