脑肠轴功能紊乱时会出现多种症状，涉及消化系统、神经系统以及情绪和行为等多个方面。
一、消化系统症状
胃肠动力异常
便秘：脑肠轴紊乱可能导致肠道蠕动减慢。这是因为神经系统对肠道平滑肌的调节出现问题，使得肠道推进食物残渣的动力不足。患者可能会出现排便次数减少，比如每周排便少于 3 次，粪便干结、坚硬，排便困难，甚至需要用力屏气、使用辅助手段（如开塞露）才能排便。
腹泻：相反，也可能出现肠道蠕动过快的情况。当脑肠轴的神经信号异常时，肠道会过度兴奋，引起腹泻。表现为大便次数增多，一天可能会达到 3 次以上，粪便呈稀水样或糊状，可能伴有急迫感，即突然产生便意，需要立即上厕所。
消化不良：脑肠轴功能障碍会影响消化液的分泌和胃肠蠕动的协调性。例如，胃酸、胆汁、胰液等消化液的分泌可能会减少或分泌时间紊乱，导致食物不能被充分消化。患者会出现上腹部饱胀感，进食少量食物后就感觉肚子很胀，还会有嗳气（打嗝）、恶心、呕吐等症状，特别是在进食油腻食物后症状可能会加重。
腹痛和腹部不适
脑肠轴紊乱时，肠道对各种刺激的敏感性增加。正常情况下可以耐受的肠道扩张、气体等刺激，此时可能会引起疼痛。疼痛的性质多样，可能是隐痛、胀痛或绞痛。部位多在腹部中央或周围，比如脐周或下腹部。这种疼痛通常没有明显的规律，可能会在进食后、情绪紧张时或者休息不好时出现或加重。有些患者还会感觉到腹部有烧灼感或不适感，类似于胃灼热，但位置可能更广泛，包括整个腹部。
二、神经系统症状
头痛和头晕
脑肠轴的双向调节机制使得肠道问题可能会引发脑部神经症状。当肠道出现炎症或者功能紊乱时，炎症介质或神经信号可能会通过神经通路或者血液循环影响大脑。例如，一些神经递质（如血清素）在肠道和大脑之间的平衡被打破，可能会导致血管收缩功能异常，引起头痛。头痛的类型可能是紧张性头痛，表现为双侧头部的紧箍样疼痛；也可能是偏头痛，通常为单侧头部搏动性疼痛，可伴有恶心、呕吐、畏光、畏声等症状。
同时，由于脑肠轴紊乱可能影响大脑的血液供应和神经调节，患者还可能出现头晕症状。这种头晕可以是轻微的眩晕，感觉自身或周围物体在旋转，也可以是比较模糊的头部昏沉感，尤其在改变体位（如从卧位突然变为站立位）时可能会加重。
认知功能改变
脑肠轴功能异常可能会干扰大脑的正常认知功能。肠道菌群失调通过肠 - 脑轴影响神经递质的代谢，进而影响记忆、注意力和学习能力。例如，患者可能会出现记忆力减退，对近期发生的事情容易遗忘，比如忘记刚刚做过的事情或者要去做的事情。注意力也难以集中，在工作或学习时容易被外界因素干扰，无法长时间专注于一项任务。在学习新知识或技能时，理解和吸收的速度也可能变慢。
三、情绪和行为症状
情绪障碍
焦虑：脑肠轴的紊乱与情绪密切相关。肠道菌群可以影响神经递质的产生，如 γ- 氨基丁酸（GABA）。当脑肠轴功能出现问题时，GABA 的水平可能会发生变化，导致焦虑情绪。患者会表现出过度担心、紧张不安，常常为一些小事或者没有明显原因而感到心烦意乱。身体上也会出现相应的症状，如心慌、心跳加快、呼吸急促、手心出汗等。
抑郁：肠道菌群失衡可能通过肠 - 脑轴影响大脑中血清素等神经递质的合成和释放，进而引发抑郁情绪。患者会感到情绪低落、失去兴趣，对以往喜欢的活动（如看电影、运动等）都提不起劲。还可能出现睡眠障碍，如失眠或早醒，食欲改变，可能是食欲减退导致体重下降，也可能是通过暴饮暴食来缓解情绪，从而导致体重增加。
行为改变
脑肠轴功能紊乱可能导致一些行为上的改变。患者可能会出现睡眠质量下降，入睡困难或者夜间频繁醒来。这是因为肠道问题通过神经和内分泌途径影响了大脑的睡眠调节中枢。此外，患者可能会对食物的偏好发生改变。例如，由于肠道不适，会刻意回避某些食物，或者因为情绪问题出现情绪性进食，偏爱高糖、高脂肪的食物来寻求安慰。在社交行为方面，由于身体不适和情绪障碍，患者可能会减少社交活动，变得更加孤僻。