肠道菌群检测可辅助检测出多种与肠道菌群失衡相关的疾病，以下是一些常见的疾病类型：

消化系统疾病

炎症性肠病：包括溃疡性结肠炎和克罗恩病。在炎症性肠病患者中，肠道菌群的多样性往往会降低，一些有害菌如大肠杆菌等的数量可能增加，而有益菌如双歧杆菌、乳酸菌等的数量则可能减少。

肠易激综合征：患者的肠道菌群组成与健康人存在差异，厚壁菌门与拟杆菌门的比例可能发生改变，且一些产甲烷菌的含量可能增加，可能导致肠道功能紊乱，出现腹痛、腹泻、便秘等症状。

结直肠癌：肠道中某些特定细菌如具核梭杆菌等与结直肠癌的发生发展有关，该细菌可通过多种机制促进肿瘤细胞的增殖、侵袭和转移。检测肠道菌群中这些细菌的含量及相关代谢产物，有助于结直肠癌的早期筛查和诊断。

肝硬化：肝硬化患者常伴有肠道菌群失调，表现为肠道内革兰阴性菌增多，可能导致内毒素血症等并发症，进一步加重肝脏损伤。

代谢性疾病

肥胖：肥胖人群的肠道菌群结构与正常体重人群不同，厚壁菌门相对增多，拟杆菌门相对减少。这种菌群结构的改变可能影响能量代谢和脂肪储存，使机体更容易从食物中摄取能量并转化为脂肪堆积。

糖尿病：尤其是 2 型糖尿病，患者的肠道菌群多样性降低，一些与炎症反应相关的细菌增多，可能通过引起慢性炎症反应、影响胰岛素敏感性等机制，参与糖尿病的发生发展。

心血管疾病

高血压：肠道菌群可通过影响肾素 - 血管紧张素系统、调节血管内皮功能等途径影响血压。某些肠道细菌产生的代谢产物如短链脂肪酸等，含量异常时可能与高血压的发生有关。

动脉粥样硬化：肠道菌群失调可能导致肠道屏障功能受损，使一些内毒素等有害物质进入血液循环，引发炎症反应，促进动脉粥样硬化斑块的形成。

神经系统疾病

帕金森病：越来越多的研究表明，肠道菌群与帕金森病密切相关。肠道菌群失调可能通过 “肠 - 脑轴” 影响神经系统功能，如某些细菌产生的神经毒素或炎症介质可能影响多巴胺能神经元的功能和存活，在帕金森病的发病机制中发挥作用。

阿尔茨海默病：肠道菌群紊乱可能导致 β- 淀粉样蛋白的沉积和 Tau 蛋白的磷酸化，这是阿尔茨海默病的两个重要病理特征。

免疫系统疾病

类风湿关节炎：肠道菌群失衡可能激活免疫系统，引发炎症反应，产生自身抗体，攻击关节组织，导致类风湿关节炎的发生和发展。

过敏性疾病：如过敏性鼻炎、哮喘等，肠道菌群在调节免疫系统的平衡中起着重要作用。早期生活中的肠道菌群定植情况可能影响免疫系统的发育，菌群失调可能使免疫系统对过敏原产生过度反应，增加过敏性疾病的发病风险。