肠道菌群移植除了可用于治疗便秘外，还可以治疗以下一些疾病：

一、消化系统疾病

艰难梭菌感染：这是目前肠道菌群移植最明确有效的适应证之一。艰难梭菌感染可导致严重的腹泻、腹痛等症状，常规治疗效果不佳时，肠道菌群移植往往能取得较好的疗效。

炎症性肠病：包括溃疡性结肠炎和克罗恩病。虽然目前证据还不完全统一，但一些研究显示肠道菌群移植可能有助于缓解炎症性肠病的症状，减轻肠道炎症。

肠易激综合征：部分患者经肠道菌群移植后，腹痛、腹胀、腹泻或便秘等症状可能得到改善。

二、代谢性疾病

肥胖：肠道菌群与肥胖的发生发展密切相关。肠道菌群移植可能通过调节肠道菌群结构，影响能量代谢和脂肪储存，从而对肥胖产生一定的治疗作用。

糖尿病：有研究表明肠道菌群移植可能改善胰岛素抵抗，调节血糖水平，但目前仍处于研究阶段。

三、神经系统疾病

自闭症：一些自闭症患者存在肠道菌群失调，肠道菌群移植在部分自闭症患儿中显示出一定的改善症状的潜力，如改善社交行为、语言能力和重复刻板行为等。

帕金森病：研究发现肠道菌群可能与帕金森病的发病机制有关，肠道菌群移植可能对帕金森病的症状有一定的缓解作用。

阿尔茨海默病：肠道菌群的改变可能影响大脑的神经炎症和认知功能，肠道菌群移植在阿尔茨海默病的治疗方面也有一定的探索价值。

四、其他疾病

肝病：如非酒精性脂肪性肝病等，肠道菌群移植可能通过调节肠道 - 肝脏轴，改善肝脏功能。

自身免疫性疾病：如多发性硬化等，肠道菌群可能参与免疫调节，肠道菌群移植或许能调节免疫系统，缓解疾病症状。