肠道菌群的种类非常丰富，目前已知的肠道细菌种类有数百种甚至上千种。主要的细菌门包括厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门、变形菌门等，每个门又包含许多不同的属和种。

肠道菌群在人体中的占比难以精确量化。从细胞数量来看，人体肠道内的细菌数量大约是人体自身细胞数量的 10 倍。从基因数量角度，肠道菌群所携带的基因总数远远超过人类基因组，被称为人体的 “第二基因组”。

肠道菌群在人体健康中起着至关重要的作用，它们参与消化、营养吸收、免疫调节、代谢调控等多种生理过程。